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Numerical Simulation in Molecular Dynamics
This book details the necessary numerical methods, the theoretical background and foundations and the techniques involved in creating computer particle models, including linked-cell method, SPME-method, tree codes, amd multipol technique. It illustrates modeling, discretization, algorithms and their parallel implementation with MPI on computer systems with distributed memory. The text offers step-by-step explanations of numerical simulation, providing illustrative code examples. With the description of the algorithms and the presentation of the results of various simulations from fields such as material science, nanotechnology, biochemistry and astrophysics, the reader of this book will learn how to write programs capable of running successful experiments for molecular dynamics.
Modeling and Simulation
Die Autoren führen auf anschauliche und systematische Weise in die mathematische und informatische Modellierung sowie in die Simulation als universelle Methodik ein. Es geht um Klassen von Modellen und um die Vielfalt an Beschreibungsarten. Aber es geht immer auch darum, wie aus Modellen konkrete Simulationsergebnisse gewonnen werden können. Nach einem kompakten Repetitorium zum benötigten mathematischen Apparat wird das Konzept anhand von Szenarien u. a. aus den Bereichen „Spielen – entscheiden – planen" und „Physik im Rechner" umgesetzt.
Handbook of Spectrum Auction Design
An international team of experts covers the pros and cons of different auction formats and lessons learned in the field.
Specific components of aversive odor memory in Drosophila melanogaster
Memory is dynamic: after pairing an odor with electric shocks, flies form an aversive odor memory that lasts for several hours and consists of qualitatively different components. An anesthesia-sensitive memory component (ASM) decays rapidly, whereas a consolidated anesthesia-resistant memory component (ARM) lasts significantly longer. Here the author shows that the evolutionary conserved phosphoprotein Synapsin is selectively required for the labile ASM. Synapsin is associated with a reserve pool of vesicles at the presynapse and is required to maintain vesicle release specifically under sustained high frequency nerve stimulation. In contrast, the requirement of the active zone protein Bruchpilot is most pronounced in immediate vesicle release. The author shows that Bruchpilot is required for aversive olfactory memory and localizes the requirement of Bruchpilot to the Kenyon cells of the mushroom body, the second-order olfactory interneurons in Drosophila. He demonstrates that Bruchpilot preferentially functions for the consolidated ARM. Thus, different presynaptic proteins can dissociate consolidated and labile components of olfactory memory.
Numerical Simulation in Fluid Dynamics
In this translation of the German edition, the authors provide insight into the numerical simulation of fluid flow. Using a simple numerical method as an expository example, the individual steps of scientific computing are presented: the derivation of the mathematical model; the discretization of the model equations; the development of algorithms; parallelization; and visualization of the computed data. In addition to the treatment of the basic equations for modeling laminar, transient flow of viscous, incompressible fluids - the Navier-Stokes equations - the authors look at the simulation of free surface flows; energy and chemical transport; and turbulence. Readers are enabled to write their own flow simulation program from scratch. The variety of applications is shown in several simulation results, including 92 black-and-white and 18 color illustrations. After reading this book, readers should be able to understand more enhanced algorithms of computational fluid dynamics and apply their new knowledge to other scientific fields.
Numerische Simulation in der Moleküldynamik
Das Buch behandelt Methoden des wissenschaftlichen Rechnens in der Moleküldynamik, einem Bereich, der in vielen Anwendungen der Chemie, der Biowissenschaften, der Materialwissenschaften, insbesondere der Nanotechnologie, sowie der Astrophysik eine wichtige Rolle spielt. Es führt in die wichtigsten Simulationstechniken zur numerischen Behandlung der Newtonschen Bewegungsgleichungen ein. Der Schwerpunkt liegt hierbei auf der schnellen Auswertung kurz- und langreichweitiger Kräfte mittels Linked Cell-, P$/\3$M-, Baum- und Multipol-Verfahren, sowie deren paralleler Implementierung und Lastbalancierung auf Rechensystemen mit verteiltem Speicher. Die einzelnen Kapitel beinhalten darüberhinaus detailierte Hinweise, um die Verfahren Schritt für Schritt in ein Programmpaket umzusetzen. In zahlreichen farbigen Abbildungen werden Simulationsergebnisse für eine Reihe von Anwendungen präsentiert.
A Parallel Multilevel Partition of Unity Method for Elliptic Partial Differential Equations
the solution or its gradient. These new discretization techniques are promising approaches to overcome the severe problem of mesh-generation. Furthermore, the easy coupling of meshfree discretizations of continuous phenomena to dis crete particle models and the straightforward Lagrangian treatment of PDEs via these techniques make them very interesting from a practical as well as a theoretical point of view. Generally speaking, there are two different types of meshfree approaches; first, the classical particle methods [104, 105, 107, 108] and second, meshfree discretizations based on data fitting techniques [13, 39]. Traditional parti cle methods stem from physics applications like Boltzmann...
Numerische Simulation in der Strömungslehre
Die numerische Simulation stellt eine Verbindung zwischen dem praktischen Experiment und dem theoretischen Ansatz her und wird in Zukunft zu einer Schlüsseltechnologie heranwachsen. Eine entscheidende Rolle kommt hier der interdisziplinären Zusammenarbeit von Ingenieuren, Informatikern und Mathematikern zu.Dieses Buch gibt am Beispiel der Strömungsmechanik eine Einführung in die numerische Simulation und beleuchtet auf einfache Weise deren vielfältige Aspekte von der Modellbildung über Diskretisierung, Algorithmen und schnelle Löser, Parallelisierung bis hin zur Visualisierung. Neben der Beschreibung der einzelnen Schritte bei der numerischen Simulation werden auch detaillierte Hinweise zur Umsetzung in ein Computerprogramm gegeben. In zahlreichen Abbildungen werden Simulationsergebnisse präsentiert, die den Leser dazu animieren, ein Simulationsprogramm zu erstellen und es für eigene Berechnungen zu nutzen.Das Buch richtet sich an Studierende der Fachrichtungen Physik, Maschinenwesen, Informatik und Mathematik, sowie an Naturwissenschaftler und Ingenieure, die im Selbststudium erste Einblicke in die numerische Simulation von Strömungen erhalten wollen.
